Além do pedido liminar já analisado, a ação civil proposta pelo Ministério Público Federal acerca das ossadas encontradas na década de 1990 em Perus, pede que sejam responsabilizados pela demora na identificação a União, o Estado, a Unicamp, a Universidade Federal de Minas Gerais, a Universidade de São Paulo e mais cinco pessoas, a maioria legistas, sob a responsabilidade dos quais estiveram sob análise os ossos ou o material genético dos familiares das vítimas para confrontação.
As universidades e os profissionais processados – Fortunato Badan Palhares (Unicamp), Vânia Aparecida Prado (UFMG), Daniel Romero Muñoz (IML/Instituto Oscar Freire – USP) e Celso Perioli e Norma Bonaccorso (Polícia Científica de São Paulo) – negligenciaram com os compromissos assumidos, gerando enorme atraso nas identificações. Os trabalhos de reconhecimento foram assumidos pela Unicamp e Badan Palhares, que, após sucesso nas primeiras identificações, abandonou o serviço. A Unicamp trabalhou com a Universidade Federal de Minas Gerais, representada pela professora Vania Prado, para realizar exames de DNA. Entretanto, também na UFMG houve descaso, não se chegando a nenhum resultado importante. Em 1999 o Ministério Público interveio nos trabalhos e conseguiu que a Secretaria da Segurança Pública do Estado de São Paulo assumisse a responsabilidade pela sua continuidade. Foi designado Daniel Muñoz, do Instituto Médico Legal, e professor da Universidade de São Paulo, para o trabalho. Não houve, porém, sucesso no trabalho e nenhum relatório conclusivo. Para o MPF Muñoz descumpriu seus deveres e atrasou os trabalhos.
Já os servidores da Polícia Científica de São Paulo, Celso Perioli e Norma Bonaccorso, respondem na ação pela quebra da responsabilidade de realizar exames de DNA nas ossadas. Esses profissionais se contradisseram perante o Ministério Público Federal e as famílias dos desaparecidos, afirmando inicialmente que dispunham da tecnologia para fazer os exames e, posteriormente, informando que não poderiam realizá-los. Essa postura atrasou em anos a identificação de algumas ossadas.
Para o Ministério Público Federal, a Justiça Federal deve declarar que esses profissionais são responsáveis pessoalmente pela não-conclusão dos trabalhos de identificação, especialmente pela demora na identificação dos restos mortais de Flávio Carvalho Molina e Luiz José da Cunha. Na avaliação do MPF, os cinco devem ser condenados a indenizar a sociedade, na medida de suas responsabilidades em até 5% de seu patrimônio, ou a prestarem serviços não-remunerados em instituições de promoção dos direitos humanos.
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